cd (対象ファイルのあるディレクトリ) for i in $(ls | grep -v XXX) ; do YYY; done #XXXは除外すべきファイルに含まれている文字列、YYYはプログラムの命令文。例えば、python get_offset.py $i(←引数)、Java -jar viewerApp.jar --findpeptides INPUT --o…