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論文

Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny

こちらの論文がゼミで紹介されたのでメモ 提案されている方法: ・事前情報を使わない ・トポロジーの近さでアライメントをやる ・n-node graphlets:ノードの数によって、どのようなグラフパターンがあるか列挙 ・トポロジーを考える:トポロジー的に同じノ…

A genome-wide association study of the human metabolome in a community-based cohort

論文はこちら。下記は論文を読んだ上での自分の解釈 Framingham Heart Study(FHS)の延べ2076検体(うち873検体は血縁関係がある)について、metabolite profilingとGWASを実施。 平均55歳、51%は女性。 Relative Contributions of Heritable and Clinical Fact…

Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry data sets

論文はこれ Background: GC-MS,LC-MSデータのRetention Time(RT)のアラインメントは大まかに2つのカテゴリに分けられる Peak-based algorithms:事前のpeak detectionに対してとてもsensitiveである。ピークモデルの形やSNR(signal-to-noise ratio)などのク…

Highly sensitive feature detection for high resolution LC/MS

Abstract LC/MSはmetabolomics experimentsにとって重要な分析技術である。LC/MS生データにおける2次元のシグナルの領域、中心、強さを決めることはfeature detectionと呼ばれている。数千のfeaturesに対応する数百の物質を含む複雑なサンプルの一貫性のある…

Identification of direct residue contacts in protein–protein interaction by message passing

論文は、こちら:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2629192/ 2つの変数x,y間に定義される量 I(X;Y) = ΣΣ p(x,y) log p(x,y)/p(x)p(y) 独立性の判断に使用。決定係数R^2と同様0以上1以下の値をとる 決定係数は線形回帰およびパラメトリック手法 …

A Variational Bayesian Framework for Graphical Models

[Hagai Attias] [Gatsby Unit, University College London] [In Advances in Neural Information Processing Systems 12, 2000] 論文はこちら:http://www.goldenmetallic.com/research/nips99vb.pdf 1章:Introduction graphical modelをlearnする標準的方…

A statistical method for chromatographic alignment of LC-MS data (PETAL)

[Pei Wanga] [Department of Statistics, University of Chicago] [Biostatistics(2007), 8, 2, pp. 357–367] ・論文はこちら: http://med.stanford.edu/tanglab/publications/PDFs/AStatisticalMethodForChromatographicAlignmentOfLC-MSData.pdf) Peptide…