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A genome-wide association study of the human metabolome in a community-based cohort

論文はこちら。下記は論文を読んだ上での自分の解釈 Framingham Heart Study(FHS)の延べ2076検体(うち873検体は血縁関係がある)について、metabolite profilingとGWASを実施。 平均55歳、51%は女性。 Relative Contributions of Heritable and Clinical Fact…

R 分布の知識整理(1) まずは名前から

XX分布という文言も世の中に飛び交っている。これらの関係を整理し、理解を深めていきたい。少しずつ進めていくことにする。研究対象は次の通り。 一様分布 F分布 分布 ガンマ分布 幾何分布 コーシー分布 指数分布 正規分布 対数正規分布 多項分布 t分布 超…

R 検定の知識整理(1) 独立多群間の比較1

「xx検定」という言葉がゼミでも職場でも飛び交っているが、断片的に統計を勉強してきた自分にとっては知識の劣化があるので、ブログに書いて知識を正確に深化させていきたい。 まずは、直近ゼミでも登場している分散分析周りについておさらい。個々は各回で…

R 対応のないt検定

数学いらずの医科統計学 第2版作者: 津崎晃一出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/03/24メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 37回この商品を含むブログ (2件) を見る 対応のないt検定について、気づいたことがあったので…

生存曲線/対応のないt-test メモ

数学いらずの医科統計学 第2版作者: 津崎晃一出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/03/24メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 37回この商品を含むブログ (2件) を見る 29章 生存曲線の比較 生存曲線に、ハザード比が一貫し…

Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry data sets

論文はこれ Background: GC-MS,LC-MSデータのRetention Time(RT)のアラインメントは大まかに2つのカテゴリに分けられる Peak-based algorithms:事前のpeak detectionに対してとてもsensitiveである。ピークモデルの形やSNR(signal-to-noise ratio)などのク…

標準誤差(SEM)と標準偏差(SD)

数学いらずの医科統計学 第2版作者: 津崎晃一出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/03/24メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 37回この商品を含むブログ (2件) を見る 第14章より SEM = s/√n (s:標準偏差, Standard Deviat…

Notes on Kullback-Leibler Divergence and Likelihood Theory カルバック・ライブラ距離

こちらを参照:http://www.snl.salk.edu/~shlens/kl.pdf カルバック-ライブラ(Kullback-Leibler)ダイバージェンス(以下、DKL)は2つの確率分布の類似度を定量化する指標である DKL(p||q) = Σi pi log2(pi/qi) DKLは分布p,qに関して非対象であり、非負数である…

適合度の検定と独立性の検定

wiki抜粋: http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AB%E3%82%A4%E4%BA%8C%E4%B9%97%E6%A4%9C%E5%AE%9A これによると、 独立性の検定:2つの変数に対する2つの観察が互いに独立かどうかを検定する。カイ二乗の計算値は、確率分布が二項分布あるいは正規分布に…

5/15 ゼミ整理

ヒストグラムを描く目的:確率密度関数の形状を知ること 箱ひげ図の目的:データの粗密を表現すること 解析手法で表現するなら、変数は連続/離散(2値,名義,順序)。2値は連続・離散双方の手法が使用できることもあり、あえて分けている。

重要な論文

Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(12)00166-3 1人ではあるものの、オミクス横断で解析を行い、関係を明らかにしたもの。※4/6(土)中に読破。

"遺伝統計学の基礎"用語整理

1.フェノタイプ:表現型 2.ゲノム:遺伝現象の原因となる実体 3.核染色体:22対の常染色体と1対の性染色体 4.遺伝子座(locus):遺伝子は遺伝情報の単位。この単位はひも状の染色体の特定部分に存在。この位置のことをlocusという 5.1塩基多型、アレル:長さ…