#http://www.esri.cao.go.jp/jp/sna/data/data_list/sokuhou/files/2013/qe131_2/gdemenuja.html #より取得し、加工したデータを使用 SNA <- read.csv("GDP_def_extract.csv",header=TRUE) View(SNA) GDP <- ts(SNA$GDP, start=c(1980,1), frequency=4) GDP.…
論文はこれ Background: GC-MS,LC-MSデータのRetention Time(RT)のアラインメントは大まかに2つのカテゴリに分けられる Peak-based algorithms：事前のpeak detectionに対してとてもsensitiveである。ピークモデルの形やSNR(signal-to-noise ratio)などのク…
####filter関数を使った指数平滑法#### #データは経済産業省総合原指数【月次】出荷（平成17年＝100.0）#資本財を対象とするdat <- read.csv("http://www.meti.go.jp/statistics/tyo/iip/result/h2afdldj/csv/ha2zom3j.csv",skip=2,header=TRUE) #skip=2は上…
#########1.データの取り込み##########分析対象データは、これと同じ #install.packages("kernlab") ※初回のみ左記コマンドを実行 library(kernlab) data(spam) head(spam) #項目名を確認 #データ型を確認 for (i in 1:ncol(spam)) { print(c(names(spam[i]…
こちらより理解メモ 解くべき問題の入力サイズnに対して、処理時間の上界としてnの多項式で表現出来るものが存在するアルゴリズムを、多項式時間のアルゴリズムという ここでも少し触れていた 決定性の多項式時間アルゴリズムでと受ける判定問題の集合をクラ…
知的財産法入門 (岩波新書)作者: 小泉直樹出版社/メーカー: 岩波書店発売日: 2010/09/18メディア: 新書購入: 1人 クリック: 15回この商品を含むブログ (10件) を見る 第1章 知的財産法のコンセプト 1 福沢諭吉と高橋是清 - 知財法の先覚者 2 テクノロジー、…
数学いらずの医科統計学 第2版作者: 津崎晃一出版社/メーカー: メディカルサイエンスインターナショナル発売日: 2011/03/24メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 37回この商品を含むブログ (2件) を見る 第14章より SEM = s/√n (s:標準偏差, Standard Deviat…
#########1.データの取り込み,整形######### #install.packages("kernlab") ※初回のみ実行 library(kernlab) data(spam) attributes(spam)$names #項目名を確認 #項目名の解説は、http://archive.ics.uci.edu/ml/datasets/Spambaseに掲載されている #データ…
#install.packages("FNN")library(FNN)#http://nakhirot.hatenablog.com/entry/20130607/1370602095 #で理解したKL.divergenceについて、Rの関数(KL.divergence())を分解して理解する ####KL.divergence####function (X, Y, k = 10, algorithm = c("VR", "br…
最小自乗法において、y(目的変数)とy^(予測値)の差の2乗の和を最小化する意味について： 差の絶対値を最小化する考え方もある（手計算の場合はこちらの方が次数が低く楽である） 各観測点から、回帰直線に垂線を下ろし、その長さを「誤差」と考える考え方も…
分析の題材はこのデータ： #SPC:Sales per customer,顧客単価(JPY) #OpenH:Hours open,営業時間 #NOHWT:Number of households within trade area,商圏内世帯数(世帯) #NOPWT:Number of people with in trade area,商圏内人口(人) #IPH:Income per households…
時系列解析の考え方： 過去に依存して次が決まるかどうか、その強さの度合いがポイント 過去に依存して次が決まる場合は、「先行指標」の見極めが必要である 過去からの依存度合を図る指標も必要である
#decompose関数を分解して理解する#decompose関数は系列データを季節成分、トレンド、残りに分解する関数 #データは経済産業省より取得した「総合原指数【月次】出荷（平成17年＝100.0）」 edit(decompose) dat <- read.csv("http://www.meti.go.jp/statisti…
##inputデータは経済産業省より取得data <- read.csv("http://www.meti.go.jp/statistics/tyo/iip/result/h2afdldj/csv/ha2nsgo3j.csv",header=TRUE)#データの整形delete <- c(1,3) data <- data[-delete,] colnames(data) <- data[1,] new_name <- NULL for…
こちらを参照：http://www.snl.salk.edu/~shlens/kl.pdf カルバック-ライブラ(Kullback-Leibler)ダイバージェンス(以下、DKL)は2つの確率分布の類似度を定量化する指標である DKL(p||q) = Σi pi log2(pi/qi) DKLは分布p,qに関して非対象であり、非負数である…
Rのソースコードはここから取得する：http://peiwang.fhcrc.org/research-project.html 論文はこれ：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16880200 要約：http://nakhirot.hatenablog.com/entry/2013/05/02/103659 ReadMe.txtの通りに実行すれば良いが、コー…
(On progress)
#mzXMLファイル毎にフォルダを作成し、各ファイルについてxcmsで作成した#peaklist.txtとmzXMLファイルを配置しておく(下記で入力するCDFpathには、#各サンプルについてxcmsで作成(xcmsSet)したpeaklist.txtとmzXMLファイルが#1つのフォルダに入っており、そ…
http://www.jpo.go.jp/shiryou/s_sonota/hyoujun_gijutsu/mass/2-4-1.pdf に理論の概要は記載されている GCMSデータに適用するには、縦軸がm/z、横軸がRetention Time、数値がIntensityのマトリックスのinputを作成してから、baseline関数を使用 library(bas…
emacsとgccをインストール emacsで新規文書を作成し、拡張子.cで保存 emacsのマニュアルは http://www.ele.kochi-tech.ac.jp/tacibana/2012/is1/how-to-use-emacs.pdf とか gcc ファイル名：コンパイル ./a.out：実行
wiki抜粋： http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AB%E3%82%A4%E4%BA%8C%E4%B9%97%E6%A4%9C%E5%AE%9A これによると、 独立性の検定：2つの変数に対する2つの観察が互いに独立かどうかを検定する。カイ二乗の計算値は、確率分布が二項分布あるいは正規分布に…
御社の特許戦略がダメな理由作者: 長谷川曉司出版社/メーカー: 中経出版発売日: 2010/03/24メディア: 単行本 クリック: 55回この商品を含むブログ (5件) を見る 事業の成否に影響を及ぼすのにも関わらず、特許戦略について漫然と考えていたがために「負けた…
ベクトルの内積(平均から各点への点の内積) まとまり具合 wiki:http://en.wikipedia.org/wiki/Pearson_product-moment_correlation_coefficient ←こちらにまとまり具合と相関係数の対応について記載がある。じっくり考えてみる価値あり。 Rank化して相関係数…
Abstract LC/MSはmetabolomics experimentsにとって重要な分析技術である。LC/MS生データにおける2次元のシグナルの領域、中心、強さを決めることはfeature detectionと呼ばれている。数千のfeaturesに対応する数百の物質を含む複雑なサンプルの一貫性のある…
http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/29.html より、switch関数の使い方： 条件式の評価結果がケース 1 ，ケース 2 ，ケース 3 ，･･･ と多数あり，その結果によって場合分けを行いたい場合には switch 文を使う．例えば文字列で条件を分けた場合…
色のカスタマイズはこちら：http://www.hi-ho.ne.jp/douton/htmlcolor.html 末尾に40をつけると透明色になる（例：#ff00ff40） 多分末尾2桁は色の濃さを表している 色を変えて実験してみた #ユーザー定義関数norm.dense <- function(x,y,r=0.8) { det <- 1 -…
前の処理の戻り値を使用して、後工程の処理を行う場合、前の処理の戻り値待ちにより後工程にてランダムでエラーを発生することがある。 対処法：Sys.sleep(秒数)を挿入しておく。
関数の依存性について記した"NAMESPACE"ファイルが、R-3.0.0以降では自動的に作成されなくなっている。 R-3.0.0未満で一度パッケージのインストールを行い、そのファイルをライブラリの該当フォルダに移動して解答する。
グラフのカスタマイズを行う関数parの引数はこちらに詳しい：http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/52.html
論文は、こちら：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2629192/ 2つの変数x,y間に定義される量 I(X;Y) = ΣΣ p(x,y) log p(x,y)/p(x)p(y) 独立性の判断に使用。決定係数R^2と同様0以上1以下の値をとる 決定係数は線形回帰およびパラメトリック手法 …
