Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny
こちらの論文がゼミで紹介されたのでメモ
提案されている方法:
・事前情報を使わない
・トポロジーの近さでアライメントをやる
・n-node graphlets:ノードの数によって、どのようなグラフパターンがあるか列挙
・トポロジーを考える:トポロジー的に同じノードをオービットと定義する。
・1-node to 5-nodesでオービットは72個
・Graphlet Degree Vecotrを計算(ネットワーク中にオービットがいくつ表れているか数える)
・Signature similarity(各ノードについて、いくつのオービットに対応しているか、ユニークさを計算)
・GRAph Aligner algorithm(GRAAL):Costを計算。Densityとtopologyを計算。αは0.8位が良いとのこと。
・球を定義していく。中心を決め(cost matrix中でcostが最小となるようなu,vを定める、候補が複数ある場合はrandomで選ぶ)、半径を徐々に拡大してalingmentを行う。
・Alignment後、Edge correctnessを計算。
・Statistical significanceを計算する方法も提示されている。
・論文の最後には他の手法との比較も掲載されている