2013-06-07から1日間の記事一覧
こちらを参照:http://www.snl.salk.edu/~shlens/kl.pdf カルバック-ライブラ(Kullback-Leibler)ダイバージェンス(以下、DKL)は2つの確率分布の類似度を定量化する指標である DKL(p||q) = Σi pi log2(pi/qi) DKLは分布p,qに関して非対象であり、非負数である…
Rのソースコードはここから取得する:http://peiwang.fhcrc.org/research-project.html 論文はこれ:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16880200 要約:http://nakhirot.hatenablog.com/entry/2013/05/02/103659 ReadMe.txtの通りに実行すれば良いが、コー…
(On progress)
#mzXMLファイル毎にフォルダを作成し、各ファイルについてxcmsで作成した#peaklist.txtとmzXMLファイルを配置しておく(下記で入力するCDFpathには、#各サンプルについてxcmsで作成(xcmsSet)したpeaklist.txtとmzXMLファイルが#1つのフォルダに入っており、そ…
http://www.jpo.go.jp/shiryou/s_sonota/hyoujun_gijutsu/mass/2-4-1.pdf に理論の概要は記載されている GCMSデータに適用するには、縦軸がm/z、横軸がRetention Time、数値がIntensityのマトリックスのinputを作成してから、baseline関数を使用 library(bas…