http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/29.html より、switch関数の使い方： 条件式の評価結果がケース 1 ，ケース 2 ，ケース 3 ，･･･ と多数あり，その結果によって場合分けを行いたい場合には switch 文を使う．例えば文字列で条件を分けた場合…

色のカスタマイズはこちら：http://www.hi-ho.ne.jp/douton/htmlcolor.html 末尾に40をつけると透明色になる（例：#ff00ff40） 多分末尾2桁は色の濃さを表している 色を変えて実験してみた #ユーザー定義関数norm.dense <- function(x,y,r=0.8) { det <- 1 -…

前の処理の戻り値を使用して、後工程の処理を行う場合、前の処理の戻り値待ちにより後工程にてランダムでエラーを発生することがある。 対処法：Sys.sleep(秒数)を挿入しておく。

関数の依存性について記した"NAMESPACE"ファイルが、R-3.0.0以降では自動的に作成されなくなっている。 R-3.0.0未満で一度パッケージのインストールを行い、そのファイルをライブラリの該当フォルダに移動して解答する。

グラフのカスタマイズを行う関数parの引数はこちらに詳しい：http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/52.html

論文は、こちら：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2629192/ 2つの変数x,y間に定義される量 I(X;Y) = ΣΣ p(x,y) log p(x,y)/p(x)p(y) 独立性の判断に使用。決定係数R^2と同様0以上1以下の値をとる 決定係数は線形回帰およびパラメトリック手法 …

cd (対象ファイルのあるディレクトリ) for i in $(ls | grep -v XXX) ; do YYY; done #XXXは除外すべきファイルに含まれている文字列、YYYはプログラムの命令文。例えば、python get_offset.py $i(←引数)、Java -jar viewerApp.jar --findpeptides INPUT --o…

#unix上でpythonを呼び出して実行 python (スクリプトファイル名) (実行対象ファイル※必要に応じて) (他の引数)… (例)python get_offset_tag.py sample.mzXML

#典型的エラー java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException:0 #変域外へのアクセスについてエラーが生じているという意味。

#直接ライブラリフォルダにダウンロード後、Unixコマンドで次を入力 R CMD INSTALL xxx.tar.gz #R-3.0.0以降では自動的にNAMESPACEファイルを作成出来ない。 #そのような場合は、一度バージョンを落としてインストールを行い、NAMESPACEファイルを作成後、再…

choose.files()でファイル格納先のディレクトリが取得できる hist(…, right=T)：境界線上をどちらに含めるか。例：hist(data$Score, breaks= seq(30, 110, by=5), col="darkgray",right=F qqplot単独で描くときは、library(Rcmdr)のqqPlot関数 Shapiro-wilk …

ヒストグラムを描く目的：確率密度関数の形状を知ること 箱ひげ図の目的：データの粗密を表現すること 解析手法で表現するなら、変数は連続／離散(2値,名義,順序)。2値は連続・離散双方の手法が使用できることもあり、あえて分けている。

5/13(月) 決定木done, 線形回帰/ベイズ線形回帰code作成, ロジスティック回帰code作成【注力】 5/14(火) 線形回帰/ベイズ線形回帰done,ロジスティック回帰done【注力】 5/15(水) 演習問題見直しdone, 基本部分作成 5/16(木) 基本部分作成, +α因子分析, 正準…

パターン認識と機械学習 上 - ベイズ理論による統計的予測作者: C. M.ビショップ,元田浩,栗田多喜夫,樋口知之,松本裕治,村田昇出版社/メーカー: シュプリンガー・ジャパン株式会社発売日: 2007/12/10メディア: 単行本購入: 18人 クリック: 1,588回この商品を…

[パターン認識と機会学習 下] [第10章]

[Hagai Attias] [Gatsby Unit, University College London] [In Advances in Neural Information Processing Systems 12, 2000] 論文はこちら：http://www.goldenmetallic.com/research/nips99vb.pdf 1章：Introduction graphical modelをlearnする標準的方…

稼働しているタスクをチェック：jobs プロセスIDをチェック：ps ジョブを強制終了：kill -KILL プロセスID ファイル数をカウント：ls | wc -w

・histとhistogramの使い分けについて： http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc041/06943.html ・Density, freq, Parcentage of Totalの区別について： http://aaaaushisan.blogspot.jp/2011/11/r.html

[Pei Wanga] [Department of Statistics, University of Chicago] [Biostatistics(2007), 8, 2, pp. 357–367] ・論文はこちら： http://med.stanford.edu/tanglab/publications/PDFs/AStatisticalMethodForChromatographicAlignmentOfLC-MSData.pdf) Peptide…

#こちらでSASのサンプルデータを取得可能 http://ftp.sas.com/samples/A58519 #Rで以下の通り変換すれば、SASのデータをRで使用可能 install.packages("sas7bdat") library(sas7bdat) setwd("ダウンロードしたディレクトリ") data <- read.sas7bdat("拡張子…

#ファイル検索してコピー for i in $(find ./ -name 'XXXXX') do echo "copy $i" cp $i /directory/ done #directory, XXXXはその場に応じて変える #ファイルを探す locate file名 #パスの変更の仕方の例 cd /directory/R-3.0.0/.bashrc vi .bashrc #最後の…

#線形判別関数はlda(),2次判別の関数はqda() ###################1次判別の例################### x1<-data.frame(hikki=c(68,85,50,54,66),mensetsu=c(65,80,95,70,75)) x2<-data.frame(hikki=c(35,56,25,43,70),mensetsu=c(55,65,75,50,40)) xm1 <- c(mean…

#線形回帰 yi = b0 + b1xi +εiにおいて、誤差項εiの仮定は次の4つ。 #1.εiの期待値は0である(i=1,2,…,n) #2.εiの各分散はすべて等しい(i=1,2,…,n) #3.εi,εuは無相関である(i≠u; i,u=1,…,n) #4.εiは正規分布にしたがう(i=1,…,n) #最小自乗法による推定の良さ…