Linux Tips (他言語プログラムの起動/実行の繰り返し)

cd (対象ファイルのあるディレクトリ)

for i in $(ls | grep -v XXX) ; do YYY; done

#XXXは除外すべきファイルに含まれている文字列、YYYはプログラムの命令文。例えば、python get_offset.py $i(←引数)、Java -jar viewerApp.jar --findpeptides INPUT --out=output --dumpwindow=3　など。

#繰り返し文はforの後、doとdoneの間を実行する。

#grepは特定の条件を満たすファイル/フォルダを探す命令、-v XXXは「"XXX"含まない」という意味。

#例(現在のフォルダにあるファイルを同名のフォルダに移動)

for i in $(ls | grep -v offset | grep -v done); do cp -r $i ./1001_R_codes/MSeasy/test/temp/$i/; done

#エラーが起こることが確実である場合に、出力を途中で止めるコード

head -n 20