R Correlation Coefficient of Categorical Variables (カテゴリカルデータの相関係数)

Program R

#全ての説明変数が量的であれば、主成分分析、因子分析等の #量的変数を対象とした手法の適用が可能。 #カテゴリカル変数が説明変数に含まれている場合に、 #量的変数を対象とした手法の適用が出来るようにする方法を #下記で確認する。 #In case of ordinal…

2013-04-27

R サンプルデータ練習(販売データ) (※on progress)

Program R

サンプルデータを使用してRの練習データはこちら：http://www.tsware.jp/study/vol8/qrybiz_01.htm

2013-04-27

R Quantification Theory (数量化理論)

Program R

##################数量化1類################## #数量化1類は回帰分析において、説明変数にカテゴリカル変数が #含まれる場合と同じ解析方法。 head(PlantGrowth) summary(PlantGrowth) tapply(PlantGrowth$weight, PlantGrowth$group, mean) tapply(PlantG…

2013-04-27

R Decision Tree (決定木)

Program R Mathematics Decision Tree 決定木

#目的変数がカテゴリカル変数の場合は、目的変数がどのカテゴリーに #属するのかを予測するための方法としては、ロジスティクス回帰 #分析や判別分析などの方法を用いることが可能 #決定木は全体を説明変数を用いて段階的にグループ分けする #classification…

2013-04-26

R Correspondence Analysis (対応分析)

Program R

「Rで学ぶデータサイエンスカテゴリカルデータ解析」より抜粋 library(vcd) tabledata <- xtabs(Freq~Status+Urban, data=DanishWelfare) tabledata result <- chisq.test(tabledata) round(prop.table(tabledata,margin=2), digits=3) #margin = 1:horizon…

2013-04-25

R Tips(データの加工)

Program R

#列に名前を付ける x <- matrix(c(1,1,2,2,1,2,1,2,5,3,6,2,6,5,1,4), nrow=4) dimnames(x) <- list(x[1:4], c("id","time", "x1", "x2")) colnames(x) #列を追加する head(cbind(tips, type = ifelse(tips$tp < 2, "少ない", "多い")),3) #変数を削除する r…

2013-04-24

R Possion Regression Analysis (ポアソン回帰)

Program R

・ポアソン分布の前提3つ -時間を細かく分けていくと、各時間帯で発生するイベントは1回だけである -細かく分けた時間帯でのイベントの発生確率は同じである -他の時間帯のイベントの発生状況の影響は受けない --------------------------------------------…

2013-04-24

R 初級講座構成案(Memo)

Program R

■Chapter1 なぜ分析が必要なのか？・よく使うデータの変形方法・企業の中で役立てるとすればどうするか・ダイナミックオペレーションを目指して（過去の分析から、現在の察知、未来の予測へ）・知見とは何か？・多様性に富む世界、知見をたくさん共有し…

2013-04-24

R Logistic Regression (ロジスティック回帰)

Program R Mathematics Logistic Regression ロジスティック回帰

#ロジスティクス回帰分析は、1つのカテゴリカル変数を目的変数 #とし、その目的変数を説明変数で説明するモデルによる分析方法。#より実践的なのはこちら ################目的変数が2値の場合################ ##単項多重ロジスティック回帰 #個票データが…

2013-04-24

遺伝統計学拠点メモ

bioinformatics

大学：MIT, ミシガン, ワシントン DB：UCSC, NCBI, Magil, Emble

2013-04-24

R 初級講座ネタ検討(2元表の解析) (On progress)

Program R

#2×2表の解析 #########独立性のカイ2乗検定######### binom.test(512,1897) attr(,"conf.level") Ctable <- matrix(c(512,1385,567,2419),nr=2) chisq.test(Ctable) library(MASS) Ctable <- xtabs(~Sex+W.Hnd, data=survey) Ctable chisq.test(Ctable) #独…

2013-04-23

R Tips データのマージ

Program R

#a,bの2テーブルを1対多で紐付ける a <- data.frame(ID=c("a","a","a","b","b","b","c","c","c"),mz=c(1:9)) b <- data.frame(ID=c("b","c","d"),Risk=c(1:3)) merge(b,a,by="ID") #不要な列を削除する df <- ( データフレーム ) 不要 <- c( 要らない列番号…

2013-04-22

R 初級講座ネタ検討(カテゴリカル・データ、割合の検定)

Program R

#練習問題 binom.test(x=134,n=200,p=0.5) #p値の推定値はp値への影響を与えるが、pの推定値の信頼区間に対しては影響を与えない。 #pの推定値の信頼区間は、測定値が最尤推定値であることを過程した分布によって推定する。 #p値と信頼区間からの離れ具合に…

2013-04-20

R 初級講座ネタ検討(カテゴリカル・データの変形)

Program R

TAccident <- c(0, 0, 0, 0, 0) colname <- c("Sex","Place","Seatbelt","Injury","Freq") colnames(TAccident) <- colname TAccident <- matrix(c('女性','女性','女性','女性','女性','女性','女性','女性','男性','男性','男性','男性','男性','男性','男…

2013-04-18

Linux Tips

Program Linux

#webからアプリケーションをダウンロードし、展開する wget URL(取得先) #ダウンロード先はpwd tar -xvzf (ファイル名) #ダウンロードしたファイルを展開。-xは書庫からファイルの抽出、vは進捗を表示する、zはgzipで圧縮/解除する(*.tar.gz)、fはファイルを…

2013-04-17

R Tips(ファイル一覧の取得)

Program R

#ファイル一覧の取得 list.files(path = "ﾃﾞｨﾚｸﾄﾘ名", pattern = "検索対象文字列") #検索対象文字列は、^XXXで前方一致、XXX$で後方一致。Rにおける正規表現について、http://www.okada.jp.org/RWiki/?R%20%A4%CB%A4%AA%A4%B1%A4%EB%C0%B5%B5%AC%C9%BD%B8%B…

2013-04-15

Python基本2

Program Python

①inを使ってオブジェクトの要素の存在を調べる s = "snowslidesystemverticaldropbrainbuster" if "brain" in s: print "brain is found!" #sをif xxx in yyy.values() ※xxxは確認するキー、yyyは辞書名とすれば、辞書中にキーxxxが存在するか確認することが…

2013-04-15

Python基本1

Program Python

組み込み型のまとめコレクション型：シーケンス型(文字列、リスト、タプル)、マップ型：辞書変更可能/不可能：リスト、辞書は変更可能。文字列、タプルは変更不可能文字列検索と比較 find()メソッドでは、文字列が見つかった場合は位置を示す数値が、見つ…

2013-04-15

R Mantel-Haenszelの勉強

Program R

「Rで学ぶデータサイエンス 1カテゴリカルデータ解析」を参照して作成 UCBAdmissions GAdata <- apply(UCBAdmissions, c(2, 1), sum) mosaicplot(GAdata) chisq.test(GAdata) #データを次々と読み込み、異なる変数名を付与する j = 1 for (i in 0:5) { Dept …

2013-04-14

PLINKコマンド一覧

bioinformatics

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/reference.shtml

2013-04-12

R Lasso regression (ラッソ回帰)

Program R

線形回帰(重回帰含む)：http://upo-net.ouj.ac.jp/tokei/contents/sub_contents/c01_05_00.xml がわかりやすい。以下、そちらより抜粋。 library(lars) library(glmnet) data(diabetes) attributes(diabetes$x) attributes(diabetes$x2) attributes(diabetes…

2013-04-12

統計的検定のまとめサイト

bioinformatics

ここが詳しい。http://www.snap-tck.com/room04/c01/stat/stat02/stat0201.html

2013-04-12

線形代数の復習

Mathematics

Def n×n行列Aは半正定値 ⇔ 任意のn次元ベクトルxに対し、x^T A x ≧0 Def n×n行列Aは正定値 ⇔ 任意の非ゼロn次元ベクトルに対し、x^T A x ＞0 次の行列は半正定値であることが知られている。分散・共分散行列、モーメント行列、確率分布の特性関数、力学系の…

2013-04-12

Rで多次元尺度法

Program R

発想は「2点間距離の情報から、座標を再現する」。 2点間距離を維持したまま、座標を再構成する。内積の定義から、2点間の距離が明らかであれば、2点間の内積を求めることが出来る。(古典的・計量多次元尺度法) ※北海道の2都市間距離から、地図を再現する ho…

2013-04-11

R Primary Components Analysis (主成分分析)

Program R

＜体重、足の大きさの例＞ x1 <- c(180, 184, 160, 167, 161, 169, 175, 174, 166, 173) x2 <- c(29, 28, 25, 25, 26, 24, 25, 28, 24, 27) x1 <- as.matrix(x1, nrow = 10) x2 <- as.matrix(x2, nrow = 10) x <- cbind(x1, x2) colnames(x) <- c("height", …

2013-04-08

フィボナッチピボット

Program

http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:yeyMQoKqPFAJ:www.k3.dion.ne.jp/~forex/tc/pivot.htm+&cd=4&hl=ja&ct=clnk&gl=jp より転載：ピボット(PIVOT) ピボット（PIVOT）はJ・W・ワイルダーによって考案されたテクニカル指標です。前日の価…