2013-04-01から1ヶ月間の記事一覧

最尤推定(2章)

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る 尤度:観測値x1,x2,…,xnは、それぞれが独立に観測された、同じ分布f(x,p)に従う確率変…

いろいろな分布(2章)

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る ベルヌーイ試行と二項分布:コイン投げ、サイコロ振り。pk = nCk p^k q^K-k, E(X) = kp…

用語の整理(2章)

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る 数学の用語整理 累積確率分布関数 FX(x)は(ⅰ)FX(x)は単調非減少関数である、(ⅱ)FX(…

用語の整理(1章)

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る マルコフ過程 (Markov processes):現在の状態が与えられると、将来状態の生起確率は現…

Rでタイタニックの生存者分析

z <- data.frame(Titanic) Titanic1 <- data.frame(Class = rep(z[,1],z[,5]), Sex = rep(z[,2], z[,5]), Age = rep(z[,3], z[,5]), Survived = rep(z[,4],z[,5])) ########補足:データの型の修正はこちらの方がスマート ########## class(Titanic) TN1 <- …

R標準化関連

dat <- scale(dat) datの平均値を0に、分散を1に。

重要な論文

Personal Omics Profiling Reveals Dynamic Molecular and Medical Phenotypes http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(12)00166-3 1人ではあるものの、オミクス横断で解析を行い、関係を明らかにしたもの。※4/6(土)中に読破。

実験系の略語・用語など

iPOP … integrative personal omics profile http://www.cell.com/abstract/S0092-8674(12)00166-3 FACS … フローサイトメトリー http://www.bc-cytometry.com/FCM/fcmprinciple_4.html MS … 質量分析、マスクロマトグラフィー http://www.chem-station.com/…

Rにおける複数ファイルの取込

setwd("XXX") f<-list.files("XXX", pattern="txt$") print(f) j = 1 for(i in f) { dat <-read.table(paste("XXX", i, sep = ""), header = T) assign(paste("dat",j,sep=""),dat) j = j + 1 } # 50,000 x 300 x 8 のデータで読み込みに20分。XXXは適切なデ…

Linux Tips

■Linuxの頻出コード ・passwd パスワードの変更 ・cd /パス名 - cdのみ home ディレクトリに戻る - cd - 1つ前のディレクトリに移動 ・相対パス表現 - . (ドット1個) カレントディレクトリ - .. (ドット2個) カレントディレクトリの親ディレクトリ - ~ (…

"遺伝統計学の基礎"用語整理

1.フェノタイプ:表現型 2.ゲノム:遺伝現象の原因となる実体 3.核染色体:22対の常染色体と1対の性染色体 4.遺伝子座(locus):遺伝子は遺伝情報の単位。この単位はひも状の染色体の特定部分に存在。この位置のことをlocusという 5.1塩基多型、アレル:長さ…