論文はこれ Background: GC-MS,LC-MSデータのRetention Time(RT)のアラインメントは大まかに2つのカテゴリに分けられる Peak-based algorithms：事前のpeak detectionに対してとてもsensitiveである。ピークモデルの形やSNR(signal-to-noise ratio)などのク…

Rのソースコードはここから取得する：http://peiwang.fhcrc.org/research-project.html 論文はこれ：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16880200 要約：http://nakhirot.hatenablog.com/entry/2013/05/02/103659 ReadMe.txtの通りに実行すれば良いが、コー…

(On progress)

#mzXMLファイル毎にフォルダを作成し、各ファイルについてxcmsで作成した#peaklist.txtとmzXMLファイルを配置しておく(下記で入力するCDFpathには、#各サンプルについてxcmsで作成(xcmsSet)したpeaklist.txtとmzXMLファイルが#1つのフォルダに入っており、そ…

http://www.jpo.go.jp/shiryou/s_sonota/hyoujun_gijutsu/mass/2-4-1.pdf に理論の概要は記載されている GCMSデータに適用するには、縦軸がm/z、横軸がRetention Time、数値がIntensityのマトリックスのinputを作成してから、baseline関数を使用 library(bas…

Abstract LC/MSはmetabolomics experimentsにとって重要な分析技術である。LC/MS生データにおける2次元のシグナルの領域、中心、強さを決めることはfeature detectionと呼ばれている。数千のfeaturesに対応する数百の物質を含む複雑なサンプルの一貫性のある…

[Hagai Attias] [Gatsby Unit, University College London] [In Advances in Neural Information Processing Systems 12, 2000] 論文はこちら：http://www.goldenmetallic.com/research/nips99vb.pdf 1章：Introduction graphical modelをlearnする標準的方…

[Pei Wanga] [Department of Statistics, University of Chicago] [Biostatistics(2007), 8, 2, pp. 357–367] ・論文はこちら： http://med.stanford.edu/tanglab/publications/PDFs/AStatisticalMethodForChromatographicAlignmentOfLC-MSData.pdf) Peptide…

大学：MIT, ミシガン, ワシントン DB：UCSC, NCBI, Magil, Emble

http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/reference.shtml

ここが詳しい。http://www.snap-tck.com/room04/c01/stat/stat02/stat0201.html

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る マルコフ性：未来は現在によってのみ特徴づけられる場合、この性質をマルコフ性を呼ぶ…

パラメトリック検定：パラメトリック検定を用いるときは、実験における変数が仮定された確率分布に従うことの根拠を必要とする。t検定、ANOVA検定(F検定含む)、Bartlett(分散の均一性)の検定など。 ノンパラメトリック検定：統計的データ解析の多くで、変数…

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る Jensenの不等式：g(x)は下に凸である関数。確率変数Xに対して、確率密度関数がf(x)であ…

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る 尤度：観測値x1,x2,…,xnは、それぞれが独立に観測された、同じ分布f(x,p)に従う確率変…

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る ベルヌーイ試行と二項分布：コイン投げ、サイコロ振り。pk = nCk p^k q^K-k, E(X) = kp…

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る 数学の用語整理 累積確率分布関数 FX(x)は（ⅰ）FX(x)は単調非減少関数である、（ⅱ）FX(…

バイオインフォマティクス作者: A.ポランスキ,後藤修出版社/メーカー: 丸善出版発売日: 2012/07/17メディア: 単行本購入: 1人 クリック: 1回この商品を含むブログを見る マルコフ過程 (Markov processes)：現在の状態が与えられると、将来状態の生起確率は現…