#mzXMLファイル毎にフォルダを作成し、各ファイルについてxcmsで作成した
#peaklist.txtとmzXMLファイルを配置しておく(下記で入力するCDFpathには、
#各サンプルについてxcmsで作成(xcmsSet)したpeaklist.txtとmzXMLファイルが
#1つのフォルダに入っており、それがサンプルの数だけある状態とする)。
#peaklist.txtの各列の項目名は
#c("peak","Rtmin","firstscan","maxscan","lastscan")とし、
#tsv形式としておく。
#クラスタ構成数を決めるためのinitialリストを作成
MS.DataCreation(DataType="CDF",pathCDF="xxx",apex="TRUE",quant="FALSE")
#xxxは上記で述べた通りに設定。
#DataTypeはAIA/ANDI NetCDF, mzXML, mzData or mzML formatの場合CDFとする。
引数apexはTRUEならmass spectrum is considered at the apex of the peak
#FALSEならa mean mass spectrum is obtained by averageing 5 percent of
#the mass spectram surrounding the apexの意味
#outputとしてinitialリストが1つだけ出力される。
#k-means法でクラスタリング実施
data <- read.table("XXX/initial_DATA.txt",header=TRUE)
MS.clust(data,quant=TRUE,clV=TRUE,ncmin=10,ncmax=50,
varRT=0.1,disMeth="euclidean",linkMeth=NULL,
clustMeth="kmeans")
