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Linux

Linux Tips (圧縮/解凍/ファイル削除)

記憶のため、メモ。 [ファイルをtar.gz形式で圧縮する] tar cfvz 圧縮後のファイル名.tar.gz 圧縮するファイルのあるパス [tar.gzを解凍する] tar xvzf 圧縮後のファイル名.tar.gz [フォルダの容量を確認] du [フォルダ名を変更] mv 変更前フォルダ名 変更後…

R パッケージのCコードを編集する

emdistというパッケージを使おうとしたが、ソースにも書いてある通り、行列のサイズ制限や計算回数に制限が設けられており、都合が悪かったのでソースコードから変更することにした。備忘として、その手順を記す。 まず、ここからemdist_0.3-1.tar.gzをダウ…

Linux Tips (OOM Killer対策)

Linuxサーバー上で、OOM Killerなるものに処理中のプロセスを遮断される事例が多発。メモリが限界値を超えると、最も占有が大きいプロセスを自動的に遮断する模様。 以下のように書き込むことで、落とされたくないプロセスを選定出来る。 for i in $ (ps ux …

Linux Tips (他言語プログラムの起動/実行の繰り返し)

cd (対象ファイルのあるディレクトリ) for i in $(ls | grep -v XXX) ; do YYY; done #XXXは除外すべきファイルに含まれている文字列、YYYはプログラムの命令文。例えば、python get_offset.py $i(←引数)、Java -jar viewerApp.jar --findpeptides INPUT --o…

Linux/R Tip (CRANからダウンロード出来ないとき)

#直接ライブラリフォルダにダウンロード後、Unixコマンドで次を入力 R CMD INSTALL xxx.tar.gz #R-3.0.0以降では自動的にNAMESPACEファイルを作成出来ない。 #そのような場合は、一度バージョンを落としてインストールを行い、NAMESPACEファイルを作成後、再…

Linux Tips

稼働しているタスクをチェック:jobs プロセスIDをチェック:ps ジョブを強制終了:kill -KILL プロセスID ファイル数をカウント:ls | wc -w

Linux Tips (ファイルの移動、PATHの変更)

#ファイル検索してコピー for i in $(find ./ -name 'XXXXX') do echo "copy $i" cp $i /directory/ done #directory, XXXXはその場に応じて変える #ファイルを探す locate file名 #パスの変更の仕方の例 cd /directory/R-3.0.0/.bashrc vi .bashrc #最後の…

Linux Tips

#webからアプリケーションをダウンロードし、展開する wget URL(取得先) #ダウンロード先はpwd tar -xvzf (ファイル名) #ダウンロードしたファイルを展開。-xは書庫からファイルの抽出、vは進捗を表示する、zはgzipで圧縮/解除する(*.tar.gz)、fはファイルを…

Linux Tips

■Linuxの頻出コード ・passwd パスワードの変更 ・cd /パス名 - cdのみ home ディレクトリに戻る - cd - 1つ前のディレクトリに移動 ・相対パス表現 - . (ドット1個) カレントディレクトリ - .. (ドット2個) カレントディレクトリの親ディレクトリ - ~ (…